این بخش از مباحث رابطه اهل بیت (ع) با خلفا به بیعت امام علی (ع) با خلفا اختصاص دارد. این موضوع، از مسائل مناقشه برانگیز تاریخ صدر اسلام است. اهل سنت این بیعت را اختیاری و نشانه مشروعیت خلفای سه گانه دانسته اند، در حالی که در نگاه شیعه، امامت منصبی الهی و مستقل از بیعت است. علمای شیعه اصل بیعت را نپذیرفته اند یا آن را ناشی از اکراه، اجبار، تقیه و مصلحت سنجی برای جلوگیری از بروز تفرقه و حفظ وحدت جامعه اسلامی می دانند. برخی گزارش های تاریخی، از جمله واقعه هجوم به خانه حضرت فاطمه زهرا (س)، به عنوان شواهد تحمیل بیعت مطرح شده است.